[Corona Actualiteiten]

Ik vind dat we op vrij veel vlakken er goed bovenop zitten, met name aan de universitaire kant, maar dit bericht toont toch echt dat de GGD/ RIVM op zijn beloop laten en dat het indammen gestopt is. Zelfs in de nog rustige Kop van Noord Holland is het contactonderzoek gestopt. Zelfs bij een medewerker van een huisartsenpraktijk. Hoeveel (kwetsbare) patiënten zijn hier de afgelopen dagen geweest? Wat voor signaal wordt hier gegeven? 

[NL Corona meldingen topic]

Vanmorgen werd al bekend dat de praktijk in Warmenhuizen (nabij Schagen) gesloten was vanwege 'meerdere besmettingen in de omgeving'. Via dit vreemde bericht.
Ik vermoedde direct al dat het wel eens om een medewerker kon gaan. Eerste patiënt Schagen kwam hier namelijk uit de buurt vandaan (Dirkshorn). NHD meldt zojuist dat er inderdaad een medewerker besmet is. GGD doet geen contactonderzoek meer, nieuw beleid (want het is al zo druk in de Kop van Noord Holland?). 

Huisartsenpraktijk-in-warmenhuizen-gesloten-vanwege-coronavirus

[NL Corona meldingen topic]

Na de Zaanse mevrouw nog een 'spook' besmetting in Noord-Holland.
Bron NHD (betaalmuur)

Man uit Hoorn opgenomen in quarantainelocatie in Heiloo zonder test.

[Corona Actualiteiten]

14 uur geleden, Carbunculuz zei:

Hopelijk leest er een journalist hier ook mee, pakt de data van Nextstrain en komt tot dezelfde conclusie! Dan is het hek van de dam!

De inferred date is een aanname en zeker geen conclusie.

 

 

12 uur geleden, Gijsbert zei:

 

 

Welkom hier. Interessante bijdrage. Ik weet niet wat je expertise is op gebied van genetica, maar misschien kun je wat licht doen schijnen op de aard van de gemeten mutaties. Er rijzen bij mij een aantal vragen.

 

Een week geleden las ik wat artikeltjes van de strekking "Is there a second strain of coronavirus?" Er werd een L-strain en een S-strain onderscheiden:

L = verspreid zich sneller & is dodelijker

S = verspreid zich minder snel & is minder dodelijk 

Of deze differentiatie gevolgen heeft voor de effectiviteit van een te ontwikkelen vaccin is (mij) nog niet helder, weet je daar iets van?

 

https://academic.oup.com/nsr/advance-article/doi/10.1093/nsr/nwaa036/5775463?searchresult=1

Ik zie simpelweg naar kleurtjes kijkend op http://www.nextstrain.org/ dat er 4 hoofdgroepen herkenbaar zijn: China, Europa/Zuid Amerika, USA en Singapore/Australië. (Met duidelijk minder homogeniteit in China en Europa).

 

Kun jij een link leggen tussen de eerder genoemde 2 strains en de 4 hoofdgroepen op nextstrain? Gaat het op nextstrain misschien meer om een soort 'afkomst-markers', enkel van belang om de stamboom cq verspreidingspatronen te duiden? Of zijn deze 4 hoofdgroepen nu al te kenschetsen als (voorboden van) nieuwe strains?

Ik bezit geen professionele expertise op het gebied van genetica (of microbiologie oid). 
Er is een duidelijke scheiding tussen een L- en S-strain. Ik ben de artikels over de gevolgen ook tegengekomen. Een beetje vreemd om Oxford (jouw publicatie) tegen te spreken; er zijn nog veel meer verschillende strains te zien en de gevolgen zijn in verreweg de meeste gevallen 0 of bijna 0. Je moet het zo zien. Als ik een spannende detective heb gezien op televisie waarin een moord wordt opgelost en ik moet iemand precies navertellen wat ik heb gezien, zal dat nooit helemaal lukken. De meeste fouten die ik zal maken zullen totaal geen invloed hebben op de clue en het verhaal zal dezelfde afloop hebben. Zo ver ik weet is er nog geen bewijs dat één strain schadelijker is dan de ander. Zie onderstaand screenshot waarbij de tweedeling zichtbaar is. In de onderste de besmettingen in de USA. Tot nu toe blijkt niet dat deze minder dodelijk is dan de Europese besmettingen, welke allemaal in de L-strain zitten. Note: de Chinese studie is gedaan voor de uitbraak in de WA-state en CA.

 

Je kunt op de website kiezen wat je in beeld wilt hebben. Zoals je hierboven ziet laat de grafiek een bepaald genotype zien.

Aan de Nederlandse strain zonder bekende bron (op basis van de genetische code) zijn nu twee samples van Schotland toegevoegd, zie onder. Zover ik terug kan vinden in de nieuwsberichten hebben alle 3 de eerste besmettingen in Schotland een link met Italië. De grafiek laat dit (nog) niet zien. Nog steeds missen er samples van Noord-Frankrijk en Duitsland.

[Corona Actualiteiten]

Nieuw op dit forum, sinds kort lezer. Drie weken terug uitgelachen door collega's vanwege een voorraadje eten, nu verstandig. Voorraadje voor twee weken, dat wel. Ik ben een amateuristische prepper.
Ik hoop dat ik onderstaande in het goede topic post. Zo niet, mijn excuses. Eveneens voor foute conclusies. Ik ben geen bioloog.

 

Op de website www.nextstrain.org worden de genetische codes van 2019-nCoV verwerkt in dynamische overzichten.
Een virus kopieert zichzelf, maar is daar niet uitzonderlijk goed in. Er zullen regelmatig wat fouten in de kopieën zitten en de wetenschappers achter nextstrain proberen dit in kaart te brengen via door de daarvoor bevoegde instanties aangeleverde 'codes'. 
De overzichten die dit oplevert zijn zeer interessant, maar pas op voor te snelle conclusies. Onderstaande zijn hypotheses op basis van de nu beschikbare gegevens. En deze worden dagelijks aangevuld (en zodoende de hypotheses bijgesteld).

De eerste hypothese is dat hoe verder een virus genetisch is gemuteerd, hoe langer het in omloop is. Klinkt logisch. Een nieuw virus heeft geen mutaties, en hoe meer mutaties hoe meer kopietjes er zijn geweest. Toch kan een enkel kopietje meerdere fouten bevatten waardoor het lijkt dat het al langer in omloop is.

 

Op onderstaand screenshot zien we de ontwikkeling tegenover de tijd (x-as). De kleurcode per land is geselecteerd, Nederland is groen. Er zijn 28 cases aangeleverd door Nederland. Duidelijk zijn twee clusters te onderscheiden. Iets wat vandaag ook werd aangegeven door het RIVM. Boven in de kaart zien we een zelfstandig cluster. Midden in de kaart zien we een cluster waar ook andere landen tussen staan. Duidelijk is dat deze laatste de import vanuit Italië betreft.

 

Laten we beginnen met het Italië cluster. Hieronder is duidelijk de spreiding te zien. Ook richting andere werelddelen. De case in Taiwan lijkt inderdaad via Italië in Taiwan terecht te zijn gekomen en niet andersom zoals voor de uitbraak werd beweert. Het meest opvallende is echter dat de Bavaria case (Chinese zakenvrouw besmette enkele Duitse medewerkers eind januari) ook in dit cluster is meegenomen. Een hypothese is dat er hier meer sprake is geweest van community spread als in eerste instantie is aangenomen en dat het virus zich ongecontroleerd twee weken lang heeft kunnen verspreiden tot in Noord-Italië. Het zou ook verklaren waarom er momenteel in (Zuid-)Duitsland meerdere besmettingen zijn zonder duidelijke bron. Patiënt 1 in Italië is dan duidelijk geen patiënt 1 en zal het virus gewoon in de community hebben opgelopen. Maar, een slag om de arm. Het virus kan ook toevallig met dezelfde genetische eigenschappen als de Bavaria case begin februari vanuit Wuhan in Italie zijn beland. De kans is niet groot, maar niet bewezen.
De gevallen in Nederland zijn een logisch gevolg. Vakantie in Italië. Besmet terug omdat er sprake is van grootschalige verspreiding.

 

Toch is er nog iets dat opvalt in het Italië cluster. Nederland meldde op 27 februari zijn eerste case. Op de aangeleverde samples door Nederland wordt een andere datum aangegeven en een andere locatie.

 

Het tweede cluster is een stuk interessanter. Een duidelijke oorsprong is onduidelijk en het lijkt direct gelinkt met China. Wat ook blijkt uit het eerste screenshot in deze post. Voorzichtigheid is echter geboden. Uit Noord-Frankrijk en Duitsland missen nog heel veel gegevens dus wellicht ligt daar de bron. Op onderstaand screenshot is het zelfstandige cluster uitvergroot. Wellicht dat iemand interesse heeft uit te zoeken via mediaberichten of de genoemde plaatsen gelinkt kunnen worden uit Noord-Italië. Een snelle blik van mij leverde geen connectie op. Coevorden en Dalen zijn in ieder geval niet gelinkt aan wintersport. Er lijkt hier in ieder geval sprake van community spread.

 

Verder valt de geïnterpreteerde datum op. Hieronder is te zien dat er ingeschat wordt dat de eerste casus op 9 februari in Tilburg is vastgesteld. Ik heb nergens terug kunnen vinden hoe deze interpretatie gemaakt wordt door de mensen achter Nextstrain (note: ondertussen alweer gewijzigd naar 16 februari). Hypothese: import vanuit China, verspreid in Brabant. 
Heel erg interessant zou zijn of de steekproefresultaten in ziekenhuizen bij dit cluster horen.

 

Kijken we naar de hoeveelheid fouten in de kopie, kunnen we hieronder zien dat er sprake lijkt te zijn dat het virus al enige tijd de kans heeft gehad te muteren (zie begin van de post voor kleine uitleg). Op de x-as nu niet de tijd uitgezet, maar de hoeveel mutaties.

 

Ter vergelijking, het Italië-cluster vertoont veel meer mutaties hieronder:

 

Als laatste nog even de problemen in de USA. Alle gelinkte mutaties lijken verbonden te zijn met een besmetting van 19 januari in WA state. Niet 100% zeker (zie uitleg hierboven), maar het verklaart wel de plotselinge explosie van meldingen in WA-state en recent in CA.

 

Hopelijk een interessante bijdrage zonder teveel missers. Kostte mij wat tijd het in elkaar te zetten, inhoudelijke reacties of correcties zijn meer dan welkom.